呼吸与危重症医学科是集医疗、教学、科研及预防为一体的福建省临床重点专科，是国家呼吸系统临床医学研究中心的分中心，诊治的疾病范围覆盖所有的呼吸系统疾病的病种，是全国呼吸系统疾病尤其是呼吸系统慢性疾病、疑难杂症及危重症抢救的诊治中心之一。自2018年10月起，科室成立“钟南山院士工作室”，全国著名的呼吸病学泰斗、广州呼吸疾病健康研究院钟南山院士及院士团队定期来我科室坐诊及指导。

呼吸内科为“国家住院医师规范化培训基地”、“国家药物与器械试验基地”、“中国呼吸道感染优化治疗协作组”和“全国肺栓塞防治协作组”成员单位。开放床位120张，设呼吸重症监护病房12张床位、睡眠呼吸暂停监测中心5间监测室、呼吸内镜3间手术室、肺功能综合诊疗部和呼吸实验室3间；开设哮喘专家门诊、肺部肿瘤门诊、鼾症门诊和戒烟门诊，年门诊量6万余次，年出院病人5000余人次。是最早同时拥有厦门大学及福建医科大学呼吸内科研究生培养基地，承担厦门大学国内班及国际班、福建医科大学和厦门医学院的临床医学专业本科生的呼吸诊断和呼吸内科学的临床理论、见习、实习及规培等教学任务。承担厦门大学医学院、厦门医学院护理系及福建医科大学护理学院护理本科生的教学任务常年进行，完成多项国家、省、市科研项目。常年进行并完成多项国际性药物临床研究及科研合作项目。全科在国际SCI、全国性杂志上共发表数百篇高质量论文，出版专著多册，担任多个杂志的编委。

技术优势 ：利用“钟南山院士工作室”，与广州呼吸疾病健康研究院院士团队呼吸亚专科临床全面对接、科研全面合作。长期与在本院内的厦门市临床检验中心尤其是微生物紧密联系合作，开展肺部感染性疾病的基础微生物及呼吸道病原菌分布及耐药机制的临床及基础研究，是闽西南地区肺隐球菌感染流调与随访研究项目的牵头单位；在胸膜腔疾病领域上成绩突出，是中华医学会呼吸分会胸膜学组委员及全省胸膜腔疾病学组组长所在的单位，参与我国第一部胸腔积液指南的制定，出版我国第一部胸膜疾病专著。在国内率先开展肠道菌群移植治疗重症难治性哮喘和慢阻肺，与厦大信息学院合作，进行呼吸系统医疗大数据研究，对慢阻肺早期干预治疗、呼吸介入领域、进行人工智能和三维导航技术研究处于国内先进水平。在国内率先提出呼吸亚ICU概念，并首先实施“呼吸重症＋呼吸亚重症＋呼吸病房”一体化的救治模式。在慢性肺诊治方面与国际合作开展了多项的临床研究取得显著的科研成果，是本地区慢阻肺按GOLD指南规范治疗的指导牵头单位。长期以来主导牵头了闽西南地区疑难病例讨论，受到同行称赞及肯定。科室能够开展所有最高难度的四级支气管镜及胸腔镜介入诊疗新技术，包括硬质气管镜下冷冻肺活检，球囊扩张、支气管肿瘤激光消融术，支架置入、支气管瘘封堵术，经纤支镜各种肺活检、经支气管镜针吸活检及肺泡灌洗；尤其是支气管哮喘热成型术，慢阻肺肺减容术有特色。开展经内科电子胸腔镜诊治胸膜疾病，如难治性气胸及肺大泡介入治疗、化脓性胸膜炎镜下治疗及粘连松解术、胸膜活检术及胸膜固定术；引进耶格全套肺功能检查系统（包括体描及运动检查等），进行全部肺功能项目检测；开展呼吸末CO2检测以及肺癌的分子靶向治疗的研究等。

呼吸重症监护病房是国家呼吸系统疾病临床医学研究中心厦门大学附属中山医院分中心的一个部分，是闽西南地区首家成立、省内最具规模、最先进的的呼吸重症监护病房之一，是广州呼吸病研究院重症医学科的合作单位。配套设施先进、齐全，设有中央监护台、医生办公室、药物治疗室、支气管镜洗消室及设备仪器室等；拥有各种不同的高端进口有创、无创呼吸机和监护仪以及其他配套设施，开展各种机械通气模式治疗各种重度呼吸衰竭。