药学部是一个集医疗、科研、教学为一体的综合型药学部门，下设有门诊西药房、急诊药房、病区中心药房、静脉配置中心、药品库房、临床药学室、药物临床试验机构、伦理委员会等多个部门， 为医院医疗工作的正常开展提供了坚实的药品保障工作。同时药学部坚持“以患者为中心”，以“保障患者安全、有效、经济、合理用药”为信念，强化医院药事管理，积极拓展临床药学服务。   

      药学部现有药学专业技术人员89人，其中主任药师4名，副主任药师13名，博士研究生1名，硕士研究生9名，以及众多具有丰富实践经验的药学专业人才。学科建设是药学部全面发展的关键。科室重视各类学术交流活动，每年举办国家级继续教育培训班—《安全合理用药》1次。此外，药学部重视临床实践与科研的协同发展，承担了国家级课题和厦门市科技局课题各一项，为临床用药提供了科研依据。

      调剂部门下辖门诊西药房、急诊药房、病区中心药房、中药房、金榜分部药房、厦禾分部中药房、厦禾分部西药房等7个药房，并设有儿科、离休干部、麻醉精神药品专窗，承担着全院门、急诊和住院病人的药品调配和供应。

       药库主要负责医院所有药品、化学试剂和检验试剂的采购、保管和供应工作，设有专职的计划员、采购员和仓库保管员。目前药库的采购工作已经全部实行全省统一招标采购，保障了临床药品的供应。

静脉配制中心主要工作是将传统的科室配药方式改为药师集中配置模式，既节约了人力成本，提高了工作效率；又减少了静脉药物被污染的几率。此外，药师统一对输液处方进行审核，保证了患者用药安全有效，避免了不合理用药。

         临床药学方面，现有主任药师1名，副主任药师1名，主管药师6名，专职专科临床药师4名，覆盖了ICU、呼吸内科、神经内科、肿瘤内科、肿瘤放疗科、肝胆外科、普外科、胃肠外科等科室。近年来，临床药学各项工作取得巨大的进步，2011年，被卫生部授予卫生部临床药师培训基地，目前已培训抗感染专业、肿瘤专业临床药师共27   名。此外，临床药学室还开展门诊用药咨询，血药浓度监测，药物基因监测，药物不良反应监测，药师下临床以及教学、科研等。年完成血药浓度监测2000例左右，药物基因检测1200例。年上报省药品不良反应监测中心药品不良反应400多例，编辑出版《厦门大学附属中山医院药品处方集》。