厦门大学附属中山医院胃肠外科成立于2007年,是福建省第一个以治疗胃肠疾病为主的专业外科科室,集医疗、教学与科研为一体，属国家级临床重点专科建设单位。科室以胃肠肿瘤微创手术为技术特色，2008年在闽南地区较早开展腹腔镜手术技术, 2015年率先在国内开展结肠癌LA-NOSE技术。胃肠癌腹腔镜手术率达90%以上，年腹腔镜胃肠癌手术量突破400余台，胃肠腹腔镜治疗水平进入省内先进水平。科室主要诊治病种包括胃肠良恶性疾病（胃癌、结直肠癌、肛管癌、胃肠间质瘤、胃十二指肠溃疡、胃肠良性息肉病）； 肛肠良性疾病（痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、慢性便秘、直肠脱垂 ）；炎性肠病（小肠克隆氏病、溃疡性结肠炎、肠结核）；腹盆腔肿瘤等。

胃肠外科下设2个病区，90张床位，配有医护及科研人员65人其中硕博士25名，海外归国人才2名，硕导4名，博导1名。主管护师5人，护师20人，PICC专科护师1名，国际造口治疗师1名。同时下设厦门大学医学院胃肠肿瘤研究所（市级胃肠肿瘤重点实验室），科研方向主要围绕胃肠肿瘤的早期诊断、改善耐药、预防复发和转移等开展基础与临床研究。目前累计承担国家级省市级科研项目40余项，获发明专利10项，于Gut、Hepatology、Nucleic Acids Research等国内外学术期刊上杂志发表论文56篇，科研成果先后荣获省、市科技进步奖项共6项，近年来共培养硕士生22名，博士生1名，博士后2名。